കണ്ണൂരിന്റെ ഹൃദയഭാഗത്ത് റയിൽവേ സ്റ്റേഷന് അല്പം വടക്ക് മാറി പ്രധാനപാതയിൽ നഗരഹൃദയഭാഗത്തായി ഏകദേശം 900 വർഷത്തിലധികം പഴക്കമുള്ള ശ്രീ മുനീശ്വരൻകോവിൽ സ്ഥിതി ചെയ്യുന്നു . കണ്വമുനി തപസിരുന്ന സ്ഥലമായതിനാലാണ് ഈ പ്രദേശത്തിന് കണ്ണൂർ എന്ന് പേരുവന്നത് . ഇവിടെ ഇപ്പോൾ ശ്രീ മുനീശ്വരൻ കോവിൽ സ്ഥിതിചെയ്യുന്ന സ്ഥലത് കനകത്തൂർ ബ്രാഹ്മന്മാരുടെ ദേവപാഠശാലയും വരരുചി , പാണിനി ,പതഞ്‌ജലി വൈയാകരണ മുനിത്രയത്തിന്റെ വിഗ്രഹങ്ങൾ പ്രതിഷ്ഠിച്ചു ആരാധിച്ചിരുന്ന ക്ഷേത്രമുണ്ടായിരുന്നത്രെ . അക്കാലത്തു തപോവനം എന്ന പേരിലാണ് ഇവിടം അറിയപ്പെട്ടിരുന്നത് . അത് ചിറക്കൽ കോവിലകത്തിന്റെ രേഖകളിൽ രേഖപെടുത്തിയിട്ടുമുണ്ട് . ആ കാലത്തു കേരളത്തിന്റെ പുറത്തുനിന്നും ഒരു മുനിശ്രേഷ്‌ഠൻ തൻ്റെ ശിഷ്യൻമാരുമൊത്ത്‌ പുണ്യസ്ഥലങ്ങളുംക്ഷേത്രങ്ങളും ദർശനം നടത്തികൊണ്ടുള്ള തീർത്ഥയാത്രക്കിടയിൽ, കൊല്ലൂർ ശ്രീ മൂകാംബിക ദേവിയെ ദർശിക്കാനുള്ള യാത്രാമദ്ധ്യ , ഇവിടെ എത്തിച്ചേരുകയും ഈ സ്ഥലത്തിൻ്റെ മാഹാത്മ്യം മനസിലാക്കി ഇവിടെ വിശ്രമിക്കുകയും ചെയ്തു . പക്ഷെ ജ്ഞ്യാന ദൃഷ്ടിയിൽ തൻ്റെ സമ്മാധിക്കുള്ള സമയമെടുത്തുവെന്ന് മനസിലാക്കി മുനീശ്വരൻ ശ്രീ മൂകാംബിക ദേവിയെ ഹൃദയംനൊന്തു പ്രാർത്ഥിച്ചു . ദേവി മുനീശ്വരന് ഇവിടെ നേരിട്ട് പ്രക്ത്യക്ഷപെട്ട് ദർശനം നൽകി അനുഗ്രഹിക്കുകയും ചെയ്തു . അതിനുശേഷം ജീവൽ സമാധി പൂകിയ മുനീശ്വരൻ്റെ സമാധി സ്ഥലമാണ് ശ്രീ മുനീശ്വരൻ കോവിൽ .